Bazı doktorlar, belli hastalıklarda dengesi bozulan kalın bağırsakları tekrar yararlı bakterilerle doldurmak için bu yönteme başvuruyor.
İngiltere'de Clostridium Difficle Enfeksiyonu (CDI) vakalarında bu yöntemi kullanan tek doktor olduğunu belirten Alisdair MacConnachie, bunun kanıtlanmış bir tedavi şekli olduğunu söylüyor.